Η Εκκλησία της Σαηεντολογίας είναι διαμορφωμένη σε μια εκκλησιαστική δομή, η οποία ενοποιεί και ευθυγραμμίζει ένα πλήθος διαφορετικών θρησκευτικών δραστηριοτήτων, που περιλαμβάνει όχι μόνο τις θρησκευτικές υπηρεσίες και πρακτικές της Σαηεντολογίας αλλά επίσης την προσέλκυση νέων μελών, την εκκλησιαστική διαχείριση, τη μετάδοση επικοινωνιών, την παραγωγή των υλικών διάδοσης και πολλές άλλες λειτουργίες. Έτσι, η θρησκευτική κοινότητα της Σαηεντολογίας ενώνεται τόσο από τις κοινές πεποιθήσεις και πρακτικές, όσο και από μια οργανωτική μορφή μοναδικά διαμορφωμένη για τη θρησκευτική αποστολή της.
Στα χαμηλότερα επίπεδα αυτής της ιεραρχίας είναι οι μεμονωμένοι λειτουργοί του πεδίου, οι θρησκευτικές ομάδες της Σαηεντολογίας και οι μίσιον της Εκκλησίας που επιδίδονται στην παράδοση εισαγωγικού ώντιτινγκ και εκπαίδευσης. Στα ανώτερα επίπεδα βρίσκονται οι μεγαλύτεροι οργανισμοί της Εκκλησίας, οι οποίοι παραδίδουν τα προχωρημένα επίπεδα των θρησκευτικών υπηρεσιών του ώντιτινγκ και της εκπαίδευσης.
Το σύστημα της διεθνούς εκκλησιαστικής διοίκησης καλύπτει όλες τις Εκκλησίες. Από την Εκκλησία της Σαηεντολογίας Διεθνώς μέχρι μια σειρά Ηπειρωτικών Γραφείων Συνδέσμων που είναι αρμόδια για γεωγραφικές ζώνες, αυτή η δομή διαχείρισης υποστηρίζει, συντονίζει και εργάζεται για να διασφαλίσει ότι η πνευματική φιλοσοφία και οι τεχνολογίες της Διανοητικής και της Σαηεντολογίας είναι διαθέσιμες σε όποιον επιθυμεί να τις λάβει και ότι οι υπηρεσίες της Σαηεντολογίας εφαρμόζονται ακριβώς όπως τις παρέδωσε ο Λ. Ρον Χάμπαρντ.
Επειδή τα κείμενα της Σαηεντολογίας απαιτούν οι θρησκευτικές της πρακτικές να παραδίδονται με ορθόδοξο τρόπο, η ιεραρχική δομή βοηθά στο να διασφαλιστεί ότι οι επιμέρους Εκκλησίες λαμβάνουν την εκκλησιαστική υποστήριξη και καθοδήγηση που απαιτούνται για να πραγματοποιηθεί αυτό. Έτσι διασφαλίζεται ότι όλοι οι Σαηεντολόγοι απολαμβάνουν ορθές θρησκευτικές υπηρεσίες σε κάθε Εκκλησία σε ολόκληρο τον κόσμο.
Κάθε επιμέρους Εκκλησία της Σαηεντολογίας είναι μια ξεχωριστή οντότητα και διευθύνεται από το δικό της διοικητικό συμβούλιο. Οι διευθυντές και οι διοικητές αποτελούν επίσης την εκκλησιαστική διαχείριση της Εκκλησίας και είναι πλήρως υπεύθυνοι για την παροχή υπηρεσιών προς τα μέλη και τις γύρω κοινότητες.
